Cookie-urile persistente sunt stocate la nivelul calculatorului utilizatorului si nu sunt sterse atunci când sesiunea de navigare este inchisa. Aceste cookie-uri pot retine preferintele utilizatorului pentru un anumit site web, astfel incat acestea sa poata fi utilizate in cadrul altor sesiuni de navigare pe Internet. Pe langa informatiile de autentificare, cookie-urile persistente pot retine si detalii referitoare la limba si tema selectate pe un anumit site web, preferinte privind meniul unui site, pagini favorite in interiorul unui site, etc. Atunci când utilizatorul acceseaza un site pentru prima data, acesta este prezentat in modul implicit. Ulterior, utilizatorul selecteaza o serie de preferinte, care sunt apoi retinute de catre cookie-uri si folosite atunci când utilizatorul acceseaza din nou site-ul. Spre exemplu, un site web isi ofera continutul in mai multe limbi. La prima vizita, utilizatorul selecteaza limba engleza, iar site-ul retine aceasta preferinsa intr-un cookie. Atunci când utilizatorul viziteaza din nou site-ul respectiv, continutul va fi afisat automat in limba engleza. Cookie-urile persistente pot fi folosite pentru identificarea utilizatorilor individuali si, astfel, pentru analizarea comportamentului online al utilizatorilor. Ele pot furniza informatii referitoare la numarul de vizitatori ai unui site web, timpul (in medie) petrecut pe o anumita pagina, si, in general, performantele unui site web. Aceste cookie-uri sunt configurate pentru a putea urmari activitatile utilizatorilor pentru o perioada indelungata de timp, in unele cazuri fiind vorba chiar despre ani.